Είναι φυτό μόνοικο και δίκλινο, δηλαδή στο ίδιο φυτό βρίσκονται αρσενικά και θηλυκά άνθη. Τα αρσενικά άνθη εμφανίζονται στην αρχή στην βάση των βλαστών και μετά σε διάφορες θέσεις. Ξεχωρίζουν από τον μακρύ ποδίσκο. Νέες ποικιλίες, κυρίως για θερμοκήπιο, είναι γυνόοικες έχοντας σχεδόν 100% θηλυκά άνθη.
Κακές περιβαλλοντικές συνθήκες, όπως χαμηλές θερμοκρασίες και συννεφιά ή, αντιθέτως, ψηλές θερμοκρασίες και ξηρασία, μπορεί να οδηγήσουν τα φυτά να παράγουν πολύ περισσότερα αρσενικά άνθη.
Παρ’ ό,τι τυπικώς το 55% των θηλυκών ανθέων μπορούν να δώσουν κολοκυθάκι χωρίς επικονίαση, τα κολοκυθάκια ωφελούνται πολύ από την επικονίαση. Με επικονίαση, η παραγωγή αυξάνεται μέχρι και 39%.
