Το καρπούζι είναι μόνοικο δίκλινο φυτό, δηλαδή έχει τόσο αρσενικά όσο και θηλυκά άνθη στο ίδιο φυτό. Τα αρσενικά λουλούδια εμφανίζονται 1-2 εβδομάδες πριν τα θηλυκά.
Τα καρπούζια μπορεί να είναι με σπόρια ή άσπορα (χωρίς σπόρια). Τα τελευταία είναι τριπλοειδή, δηλαδή έχουν 3 σειρές από γονίδια (DNA), αντί του κανονικού των 2 σειρών.